Wysokość dofinansowania projektu wynika z przyznanej kwoty dofinasowania a następnie z rozliczenia projektu.
Dofinansowanie projektów trwających od 12 do 24 miesięcy przekazywane jest zazwyczaj w dwóch transzach: zaliczkowo przekazywane jest 80% środków, a po zakończeniu realizacji projektu i jego rozliczeniu przekazywane jest 20% środków.
Dofinansowanie projektów trwających od 25 do 36 miesięcy przekazywane jest zazwyczaj w trzech transzach: zaliczkowo przekazywane jest 40% wysokości dofinansowania, następnie po wykorzystaniu 70% pierwszej transzy przekazywane jest kolejne 40% wysokości dofinansowania, a po zakończeniu realizacji projektu i jego rozliczeniu przekazywane jest 20% środków.

Szczegóły płatności zawsze określa tekst umowy na dofinansowanie realizacji projektu.